Informática biomédica

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domingo, 22 de marzo de 2015

Capítulo 8. Internet y la profesión médica.

Internet y la profesión médica

Abstract
El presente siglo no puede entenderse sin la presencia del internet. La utilidad que ofrece es múltiple y variada en todas las actividades humanas.
La medicina es una de las profesiones que más han beneficiado este enorme recurso informático ya que es una de las ciencias que generan más artículos de investigación, guías clínicas, manuales de procedimiento, nuevos métodos de enseñanza, técnicas y procedimientos quirúrgicos en comparación con otras disciplinas.

Desarrollo
Uno de los principales objetivos es la toma de decisiones acertadas y solución de problemas. Pero, además, en la medicina moderna el paciente comienza a jugar un papel relevante mediante el uso de internet, redes sociales y el empoderamiento.
La clave está en formar médicos competentes con pensamiento crítico, juicio clínico adecuado y capacidad para mejorar información con responsabilidad y ética.
El medico capacitado para los retos actuales y futuros debe saber encontrar información y fuentes confiables y utilizarla en el momento oportuno para tomar decisiones acertadas.

Internet y la Web
Internet es una red de redes interconectadas mediante protocolos TCP/IP, utilizando esta red se encuentran múltiples servicios, el más popular de ellos llamado World Wide Web, o www, que nos permite consultar páginas web y archivos mediante vínculos. El internet es el resultado de un proyecto militar estadounidense que respondió a la necesidad de mantener la comunicación durante la guerra fría.
En sus inicios la Web 1.0 era un medio de comunicación unidireccional: el internauta abría una página web y consultaba el contenido, era muy difícil poner una página disponible en internet. Luego surgió el concepto de Web 2.0, en el que los usuarios pueden crear sus propias páginas Web o contenidos de internet, interactuar en redes sociales, utilizar aulas virtuales, compartir recursos y documentos mediante trabajos colaborativos y almacenar online.
El uso de estas tecnologías señala un cambio en el paradigma de la información de las ciencias de la salud:
1.    La desaparición de intermediarios entre la fuente de la información y el receptor. A este fenómeno emergente de la Web 2.0 se ha dado el nombre de apomediación.
2.    La emancipación del paciente. Esto conlleva que los servicios Web de la salud deben nutrirse con la tecnología de internet.

Web 3.0 y Web semántica
O Web extendida, la cual intenta realizar un filtrado automático y preciso de la información más rápida y más sencilla. Este tipo ya reconoce los gustos del usuario. El potencial de esta nueva fase de internet promete un paso más a la mejora de los tratamientos, diagnósticos y procedimientos médicos actuales.

Sitios confiables
Hay que tener presente que la información siempre procede de un autor y se publica en un sitio; con el fin de que podamos identificar la reputación de ambos y suponer le grado de confiabilidad que conlleva.
El criterio de selección de información es una habilidad que se desarrolla considerando las características del contenido Web, que algunos autores describen como netmetría o webmetría.
La ley de Price, que postula que el número de publicaciones es exponencial, y en la ley de obsolencia de la información se produce, la tendencia es citar sólo los trabajos más recientes.
Algunas organizaciones hacen un esfuerzo por examinar los sitios Web disponibles de tal forma que sea posible certificar su contenido, tal es el caso de la fundación Health On the Net (HON).
Creada para fomentar la información de salud de calidad para los pacientes, los profesionales y el público en general, además pretende facilitar el acceso a los datos más recientes mediante un código ético (HONcode), que se compone de los siguientes ocho principios:
1.    Autoría
2.    Complementariedad
3.    Confidencialidad
4.    Atribución, referencias y actualización
5.    Garantía
6.    Transparencia de autores
7.    Transparencia del patrocinador
8.    Honestidad en la política publicitaria

Conclusiones
 La web ha sido una gran herramienta en las actividades del área de la salud como apoyo en la generación de la información, divulgación y la búsqueda de conocimiento médico.
Los nuevos retos a los que el profesional de la salud se enfrenta son la múltiple generación de información publicada en el ámbito de la medicina y los pacientes y en muchos casos la relación médico – paciente la complican y muchas veces la obstruyen por completo.


Capítulo 7. Cienciometría.

Cienciometría: Implicaciones para la informática biomédica.

Abstract
Una de las características distintivas de la informática biomédica es el uso de datos digitales tanto biomédicos como bibliográficos y su procesamiento in silico.
Se ha convertido en uno de los rubros más novedosos para la IB debido a las siguientes razones:
·      La gran cantidad de artículos existentes
·      El papel preponderante de los documentos médicos tiene, en particular, los artículos de investigación y los casos clínicos
·      El bajo costo de los análisis computacionales comparados con los experimentales
·      Los nuevos formatos digitales
·      La factibilidad de procesar cantidades inmensas de información, por la ciberinfraestructura
·      La proliferación de repositorios en los que se publica información estandarizada.
El estudio cuantitativo de los metadatos sobre la bibliografía especializada se denomina Cienciometría (si se pone énfasis en que es el protocolo principal de la ciencia) o bibliometría (si el énfasis se pone en que son documentos).
Los detalles sobre el método bibliométrico puede consultarse en Biomedical Engineering – From Theory to Applications. En general este método consta del análisis cuantitativo de los metadatos bibliográficos de los documentos. El propósito de estos estudios puede clasificarse en seis categorías:
a)    Recuperación de información médica
b)    Obtención de nuevo conocimiento médico
c)    Revisiones bibliográficas y estados de arte sobre medicina
d)    Análisis de las ciencias médicas
e)    Evaluación, gestión y política científica para medicina
f)      Generación y normalización de otras colecciones bibliográficas


Desarrollo
Existen diferentes tipos de metodología biomédica vinculados de manera directa con la bibliografía, cada una de estas identidades puede correlacionarse con otras a partir del uso de identificaodores únicos como el PubMed o DOI para bibliografía, el GeneBank para genes o el de UniProt para proteínas.
Entre todos los tipos de documentos biomédicos los más utilizados son ocho:
1.    Informe de casos
2.    Articulo clásico
3.    Ensayo clínico
4.    Estudio comparativo
5.    Ensayo clínico controlado
6.    Casos legales
7.    Meta-análisis
8.    Revisión


La recuperación de la información
Se refiere a la búsqueda y recuperación de la información; su función es recuperar bibliografía exhaustiva de un tema en específico, para analizarla y difundirla, con el fin de resolver un problema médico determinado.
Es necesario tener una pregunta o problema claro al cual se enfocará la investigación. Va de lo general a lo particular y consiste en obtener la mayor cantidad de información disponible. Deben seguirse las siguientes estrategias:
ü  Establecer claramente la pregunta
ü  Identificar los términos de búsqueda
ü  Diseñar las consultas con los términos elegidos
ü  Definir los campos de búsqueda de la colección
ü  Refinar la consulta tantas veces como sea necesario hasta encontrar resultados completos y exactos
ü  Producir definiciones operativas que permitan tomar decisiones
ü  Llevar a cabo el proceso de búsqueda selección y evaluación
ü  Sistematizar los registros seleccionados, depurarlos y curarlos.

El análisis de la bibliografía
Se refiere a documentos que utilizan la bibliometría para presentar estados del arte o incluso obtener tendencias de investigación, entender las características de un conjunto de bibliografía y reconocer las revistas y los autores que más publican.
Se usan principalmente los datos bibliográficos, como autores, revistas, palabras clave, año de publicación, descriptores, citas bibliográficas, institución de adscripción del autor, país de adscripción y resumen, en la medicina basada en evidencia a partir de los ensayos clínicos.
También existen aplicaciones Web que nos permiten recuperar información y analizar tendencias de la bibliografía en el área biomédica en tiempo real, muchas de las cuales utilizan la bibliografía de PubMed.

La obtención de nuevo conocimiento
Es el proceso más complejo y ambicioso del análisis bibliométrico, generado a partir del procesamiento de grandes cantidades de bibliografía biomédica especializada. Descubrimiento basado en bibliografía se refiere al uso de artículos de investigación y fue desarrollada por Don R. Swanson en la década de 1980.
El procedimiento incluye además de la bibliometría, la implementación de métodos de vanguardia como la minería de textos.
El proceso abarca un gran número de pasos que dependen del tipo de información y los resultaos. Es fundamental para el campo de la medicina basada en evidencia.
Es un método eficiente y útil para lograr conclusiones más precisas.
En 2012 clasificaron y marcaron diferentes componentes de los artículos biomédicos como proteínas, genes, nombres de fármacos, modelos biológicos y diagnósticos médicos, mediante el significado de las palabras (semántica).
En 2013 Hristovski recalcó la importancia del descubrimiento basado en la bibliografía analizando artículos indexados en Medline con una hipótesis en mente: ligar tres conceptos que no estaban ligados por si mismos:
1.    Enfermedades
2.    Patologías/función celular
3.    Drogas y genes
Con base en el significado de la palabra (ontología).

Conclusiones
En Cienciometría el análisis se hace cuantitativo de los metadatos de la bibliografía.

Las principales aplicaciones de la Cienciometría en la información biomédica son la recuperación de información, el análisis de la bibliografía y la obtención de nuevo conocimiento biomédico.

Capítulo 6. Estrategias para recuperar información.

CAPÍTULO 6.
ESTRATEGIAS PARA RECUPERAR INFORMACIÓN.

·      Objetivo.
Comprender como funcionan los sistemas de búsqueda y recuperación de la información (RI), para que los médicos adquieran habilidades en su uso en una amplia variedad de necesidades clínicas y de información.

·      Introducción.
La RI, es el campo dedicado a la adquisición, organización y búsqueda de la información basada en el conocimiento. Con la proliferación de los sistemas de RI y el contenido en línea, la idea de lo que es una biblioteca ha cambiado sustancialmente y han surgido nuevas bibliotecas digitales.

·      Desarrollo.
Los sistemas de RI almacenan y difunden información basada en el conocimiento, que es la información obtenida y organizada a partir de la investigación por observación o experimental.
La internet y la web tienen un profundo impacto en la publicación de información basada en el conocimiento. Prácticamente todas las revistas científicas se publican ya en formato electrónico.

·      Contenido.
En esta sección se clasifica el contenido en categorías bibliográficas, de texto completo, comentada y agregada.
1.     Contenido bibliográfico. Consiste en citas o indicadores referentes a la bibliografía médica. La base de datos bibliográfica biomédica más conocida y más usada es Medline. Se puede acceder mediante PubMed.
un segundo tipo más moderno de contenido bibliográfico es el Web catalog, dentro de los catálogos tenemos: HealthFinder (healthfinder.gov), HON select (www.hon.ch/HONselect), Translating Research into Practice (www.tripdatabase.com), Open Directory (dmoz.org).
otro recurso bibliográfico es national guidelines clearinghouse (www.guideline.gov)
2.     Contenido de texto completo. Los libros de texto electrónico ofrecen contenido que los libros impresos no tienen, además de que pueden incluir sonido y video. Muchos sitios de libros de texto en la Web también proporcionan acceso a preguntas de autoevaluación.
3.     Contenido comentado. Bass de datos de imágenes, bases de datos genómicos, bases de datos de referencias, bases de datos de medicina basada en evidencia…
Algunas bases de datos de imágenes son: Visible Human (www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.htlm.), Liberman´s eRadiology (eradiology.bidmc.harvard.edu), Pathology Education Instructional Resource (PEIR. (www.peir.net)), WebPath (librarymed.utah.edu/WebPath/webpath.htlm.), DermIS (www.dermis.net), VisualDX (www.visualdx.com).
4.     los siguientes son ejemplos de bases de datos de medicina basada en evidencia: Cochare Database (www.cochrane.org), Clinical Evidence (www.clinicalevidence.com), UptoDate (www.uptodate.com), PIER.
5.     Acumulados del contenido. Tienen tipos muy diversos de información que cubre distintas necesidades de los usuarios. Quizá el recurso de información agregada para el consumidor más grande es Medline Plus.

·      Indexación.
Proceso de asignar metadatos al contenido para facilitar su recuperación. Se puede indexar manual o automáticamente.
La terminología MeSH se usa para hacer índices manuales de la mayoría de las bases de datos producidas por NLM.
La indexación automática la hace una computadora. Por lo general se realiza mediante un programa computacional que extrae todas las palabras individuales de un documento.

·      Recuperación.
Existen dos estrategias principales para la recuperación. La primera es la búsqueda de una concordancia exacta, que otorga al usuario el control preciso de los elementos recuperados. Por otra parte, la búsqueda por concordancia parcial reconoce la naturaleza  inexacta de la indexación y la recuperación, e intenta devolver al usuario contenido ordenado según la cercanía con su búsqueda.
En la búsqueda por concordancia exacta, el sistema RI proporciona al usuario todos los documentos que concuerden exactamente con los criterios específicos en las estrategias de búsqueda.
El primer paso para la recuperación es seleccionar los términos para formar conjuntos.

En la estrategia por concordancia parcial, los documentos también pueden ordenarse por su relevancia para la búsqueda en un proceso llamado jerarquización.